Les virus se propagent entre les personnes principalement par le contact rapproché, les gouttelettes respiratoires ou les particules en suspension dans l'air, et les erreurs de copie lors de la réplication créent des mutations. La plupart des mutations sont inoffensives, mais certaines aident un virus à se propager plus facilement ou à échapper à l'immunité, et la sélection naturelle favorise ensuite ces versions — produisant ce que les agences de santé appellent une "variante".
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Un virus a besoin d'une cellule hôte pour faire des copies de lui-même. Chaque fois que cette copie se produit, il y a une chance que la nouvelle copie diffère légèrement de l'original — un changement appelé mutation. Avec suffisamment de mutations accumulées dans une lignée, les agences de santé commencent à l'appeler variante. Répété à travers des millions d'infections, ce processus est la façon dont les virus respiratoires tels que la grippe ou le SARS-CoV-2 continuent de changer au fil du temps.
Comment un virus passe d'une personne à l'autre
L'Organisation mondiale de la santé classe les façons dont les virus respiratoires se propagent entre les personnes en transmission par contact, gouttelettes et par voie aérienne. La transmission par contact se produit lorsque les sécrétions chargées de virus passent directement entre les personnes ou indirectement par une surface contaminée. La transmission par gouttelettes implique des particules respiratoires plus grandes — plus de 5 à 10 micromètres — qui tombent au sol ou se posent sur la bouche, le nez ou les yeux d'une autre personne dans environ un mètre. La transmission par voie aérienne implique des particules plus petites qui restent en suspension dans l'air et peuvent voyager plus loin ; l'OMS dit que cette voie est plus clairement documentée lors de procédures médicales qui génèrent des aérosols.
Dans ses commentaires sur le SARS-CoV-2, l'OMS note que des grappes de cas ont été signalées dans des espaces intérieurs surpeuplés et mal ventilés — restaurants, salles de sport, lieux de culte — en particulier après un contact rapproché durant approximativement une heure ou plus. La ventilation, la distance physique et le temps passé ensemble influencent tous la facilité avec laquelle un virus respiratoire se propage à travers un groupe.
Mesurer la propagation : le nombre de reproduction
Les épidémiologistes résument la rapidité avec laquelle une infection se propage par le nombre de reproduction de base, R0 — le nombre attendu de nouvelles infections causées par une personne infectée dans une population entièrement susceptible, selon un examen publié sur la plateforme PubMed Central (PMC) des Instituts nationaux de la santé des États-Unis. Si R0 est supérieur à 1, une personne infectée typique transmet le virus à plus d'une autre personne en moyenne et l'épidémie se développe ; s'il reste inférieur à 1, l'épidémie diminue. L'examen note que R0 dépend du taux de contact entre les personnes, de la probabilité de transmission par contact et de la durée pendant laquelle quelqu'un reste contagieux — non pas du seul pathogène.
Comment les virus respiratoires se propagent entre les personnes, selon l'OMS
Voie
Taille des particules
Portée typique
Exemple d'environnement
Contact
Directe ou via une surface contaminée
Toucher
Poignée de main, toucher une poignée de porte
Gouttelette
Plus grand que 5–10 micromètres
Environ jusqu'à 1 mètre
Tousser ou parler près de quelqu'un
Aérosol/par voie aérienne
Petites particules fines qui restent en suspension
Peut s'étendre au-delà de 1 mètre, en particulier en intérieur
Procédures médicales générant des aérosols ; pièces mal ventilées
De l'erreur de copie à la mutation
Les mutations ne sont pas quelque chose qu'un virus fait délibérément. Selon l'OMS, les mutations sont simplement les changements qui se produisent quand le matériel génétique d'un virus est copié ; l'agence note que plus un virus se propage et se réplique, plus il a de chances de développer de tels changements. Les virus à ARN tels que les coronavirus et la grippe ont tendance à accumuler ces erreurs de copie particulièrement souvent, selon un explicatif publié par Science News Explores, une publication de la Société pour la science.
Les Centres pour le contrôle et la prévention des maladies des États-Unis (CDC) déclarent que le SARS-CoV-2 continue d'accumuler des mutations dans sa séquence génétique alors qu'il continue de circuler. La plupart de ces changements n'apportent aucune différence perceptible à la façon dont le virus se comporte.
Quand une mutation devient une variante — et peut-être une souche
L'OMS définit une variante comme un virus ayant une ou plusieurs mutations nouvelles par rapport à la version dont il est issu. Science News Explores fait une distinction supplémentaire : une variante ne devient une souche qu'une fois que les chercheurs peuvent démontrer qu'elle possède une capacité biologique véritablement nouvelle, comme se propager plus facilement, provoquer une maladie plus grave ou échapper partiellement à l'immunité acquise par une infection antérieure ou la vaccination. Par cette logique, toute souche est une variante, mais pas toute variante ne se qualifie pas comme une souche.
Si une nouvelle variante se propage dépend de la sélection naturelle. Les changements qui rendent une copie de virus moins capable d'infecter les cellules ont tendance à disparaître rapidement, tandis que les changements qui rendent le virus plus adapté à son environnement actuel — plus transmissible, meilleur pour échapper aux défenses immunitaires, ou les deux — ont tendance à devenir plus courants au fil du temps, selon Science News Explores. Parce que les épidémies importantes génèrent plus d'infections, et donc plus d'événements de réplication, une transmission élevée soutenue donne à un virus plus de chances de générer le type de mutation qui devient une nouvelle variante réussie.
Comment les agences suivent les nouvelles variantes
Pour suivre l'évolution virale, les CDC exécutent une surveillance génomique : les laboratoires séquencent le code génétique d'échantillons de virus provenant de patients et téléchargent les séquences dans des bases de données partagées pour que les chercheurs puissent les comparer. L'agence regroupe les séquences apparentées en lignées en utilisant le système de nomenclature Pango, un cadre de nomenclature utilisé internationalement par les organismes de santé publique et les chercheurs pour suivre comment les lignées se rapportent les unes aux autres et se propagent au fil du temps, selon les CDC.
La surveillance combine ces données génétiques avec des données phénotypiques — des observations directes de laboratoire ou cliniques de la façon dont une variante se comporte réellement — pour évaluer si les tests, traitements et vaccins existants fonctionnent toujours contre elle, selon les CDC. L'OMS ajoute que les vaccins contre la COVID-19 ont été conçus pour déclencher une large réponse immunitaire impliquant plusieurs types d'anticorps et de cellules immunitaires, ce qui explique pourquoi les mutations individuelles sont peu susceptibles en elles-mêmes de rendre un vaccin complètement inefficace ; si une variante réduit significativement la protection, l'OMS dit que la composition du vaccin peut être mise à jour en réponse.
Plus un virus a d'occasions de se propager, plus il se réplique — et plus il a d'occasions de subir des changements.
— Organisation mondiale de la santé
Vos questions
Quelle est la différence entre une mutation, une variante et une souche ?
Une mutation est un changement génétique unique qui se produit quand un virus se copie lui-même. Une variante est un virus portant une ou plusieurs mutations nouvelles par rapport à son ancêtre, selon l'OMS. Une souche est une variante que les chercheurs ont montré avoir une caractéristique biologique véritablement nouvelle, telle qu'une transmissibilité plus élevée, selon Science News Explores — donc toute souche est une variante, mais pas toute variante ne devient pas une souche.
Pourquoi certains virus mutent-ils plus vite que d'autres ?
Les virus à ARN, y compris la grippe et les coronavirus, ont tendance à accumuler les erreurs de copie particulièrement souvent pendant la réplication, selon Science News Explores. Plus un virus circule et infecte les personnes, plus d'événements totaux de copie se produisent, ce qui lui donne plus de chances d'acquérir des mutations, selon l'OMS.
Une nouvelle variante signifie-t-elle toujours un virus plus dangereux ?
Non. L'OMS affirme que la plupart des mutations ont peu ou pas d'effet sur le comportement d'un virus ; seuls certains changements affectent des propriétés comme la transmissibilité ou la gravité de la maladie, et ceux-ci peuvent rendre un virus plus ou moins dangereux.
Que signifie un R0 supérieur ou inférieur à 1 ?
R0 estime combien de nouvelles infections une personne infectée cause en moyenne dans une population entièrement susceptible, selon un examen publié sur PMC. Un R0 supérieur à 1 signifie qu'une épidémie tend à croître, tandis qu'en dessous de 1 elle tend à diminuer, bien que l'examen souligne que R0 dépend des taux de contact et du comportement, non du seul pathogène.
Comment les agences de santé détectent-elles une nouvelle variante ?
Les CDC utilisent la surveillance génomique — séquençage d'échantillons de virus provenant de patients et comparaison des codes génétiques dans les bases de données partagées — combinés à des tests phénotypiques pour voir si les traitements, les tests et les vaccins fonctionnent toujours contre les lignées émergentes.
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